Sinds haar oprichting (Februari 1999) heeft de Nederlands-Vlaamse Vereniging voor Muziektheorie drie centrale doelstellingen:
- Het stimuleren van muziektheoretisch onderzoek in de breedste zin van het woord, zowel binnen het Nederlandstalige gebied als daarbuiten. Dit gebeurt onder andere door het organiseren van jaarlijkse internationale conferenties, lezingen en workshops (b.v. de ‘Music Theorist in Residence’), door een publicatie prijs voor jonge schrijvers (Mart J. Lürsen prijs), door bescheiden beurzen te verstrekken voor het deelnemen aan muziektheoretische evenementen, en door structureel samen te werken het tijdschriftMusic Theory and Analysis (MTA, voorheen Dutch Journal of Music Theory). Bovendien streeft de Vereniging ernaar contacten te versterken met Noord-Amerikaanse en Europese zusterverenigingen.
- Het behartigen van de belangen van muziektheorie en analyse aan Nederlandse en Vlaamse Conservatoria en Universiteiten, en het meedenken over structurele en pedagogische aspecten.
- Het versterken van contacten met vertegenwoordigers van andere vakgebieden zoals musicologen, componisten en uitvoerende musici.